- （１）
typedef struct {
double x;
double y;
} Point_t;
は、double型のxとdouble型のyというメンバーを持つ
無名の構造体に、Point_t; という別名を付けています。
使うときは、
Point_t p;
のように書きます。
（２）
typedef struct __point {
double x;
double y;
} Point_t;
は、double型のxとdouble型のyというメンバーを持つ
__pointという名前の構造体に、Point_t; という別名を付けています。
使うときは、
Point_t p1;
struct __point p2;
のように書きます。どちらでもかまいません。
（３）
struct __point {
double x;
double y;
};
は、double型のxとdouble型のyというメンバーを持つ
__pointという名前の構造体を定義しています。別名はありません。
使うときは、
struct __point p;
のように書きます。